O efeito do filtro interno é um problema comum na espectroscopia de fluorescência, afetando medições espectrais em particular. Em soluções altamente concentradas, o feixe de excitação é atenuado pela amostra, de modo que apenas a superfície voltada para o feixe de excitação fluoresce fortemente. O centro da cubeta, que é imageado pelo monocromador de emissão no espectrômetro de fluorescência, tem menor emissão de fluorescência, o que afeta o sinal detectado.
A atenuação do feixe de excitação descrito acima é conhecida como efeito do filtro interno primário. Além disso, se os espectros de excitação e emissão se sobrepõem significativamente, a luz emitida no centro pode ser reabsorvida pela própria amostra. Isso é conhecido como efeito do filtro interno secundário.
O efeito do filtro interno resulta em distorção espectral e, em alguns casos, perda completa do sinal, portanto, os usuários devem aprender a identificar e prevenir esse efeito. É uma boa prática medir espectros de fluorescência em diferentes concentrações de amostra: uma dependência linear da fluorescência na concentração indica que esse efeito não está presente.
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